莲子吸湿性强，易虫蛀和霉变。有的农户因为莲子一时卖不出去，但又没有贮藏好而造成虫蛀，这损失就大了。莲子贮藏的关键是保持干燥和低温。下面介绍一种常用的石灰干燥贮藏法：
首先，莲子必须一次烘干燥、烘均匀，含水量要小于10%。手感是抓一把感受到很滑手，莲子间相互碰撞发出的声音很清脆。此外莲心一定要通干净，否则易虫子蛀。
其次，把烘干的莲子经冷却后放入带有不漏气的内袋的编织袋中。预备好刚出窖的生石灰，按50千克莲子用25千克石灰的比例将生石灰放入缸或木柜等容器的底部。石灰上面垫一层干稻草或纸张，然后将装有干莲子的塑料袋放入。最后，加盖密封。这样莲子可以贮藏到次年新莲上市而不会霉变，色泽如新，质量完好。
要注意的是装有莲子的编织袋要放在防潮、防鼠、防虫的房间，绝不能和稻谷放在一起。无特殊需要不要将莲子翻晒，以免影响质量和光泽度。
万一出现虫蛀，可以用磷化铝灭虫。方法是先将磷化铝用布包扎好，然后放入编织袋的莲子中部。这样经一个星期左右虫子就死光了。
一般来说莲子贮藏方法得当，可以放上一年对质量影响也不会很大，真空包装放18个月对质量影响不大，少量莲子放在冰箱里可以放更长的时间。
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