黄连播种可分为田间露地播种和容器播种。田间露地播种是将种子直接播种在畦上，大粒种子或大规模的粗放栽培都可以采用这个方式。种子撒布方式又可分为点播、撒播和条播。点播是将种子按照一定的距离一粒一粒播种，点播适合大粒种子的播种。
撒播是将种子平均撒于土中，适合较细微的种子。条播是先用木条在介质上压成小畦沟，然后将种子播种在畦沟的里面，再盖上土将畦沟填平就可以。条播适用于大部分的种子。黄连的种子很小，可以采用撒播和条播的播种方法来播种。
黄连播种时间在深秋初冬为宜，一般在10~11月份播种，取出经砂藏的种子，裂口后即可播种，每亩用种量为2千克。因为黄连的种子细小，可以将黄连的种子与20~30倍的腐殖质土拌匀，撒在畦面，播后不盖土，盖约0.5~1厘米厚的干细腐熟牛马粪。也可以直接盖1厘米厚的干细土和熏土或者草木灰。
但是播种要均匀，盖种要厚薄一致。育苗棚荫蔽度应控制在70%以上。冬季干旱时，还需盖一层草保湿。第二年春，积雪融化之后，及时将覆盖物去除，这样即防日晒和雨淋，又可以保湿防旱，有利于提高出苗率，促进苗壮苗齐。每亩苗圃地出苗大约10万株，可移栽生产面积3~4亩。
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