黄连的移栽最好选阴天或雨后晴天栽植，不可以在雨天进行，因为在雨天栽种常常将畦土踩紧，使秧苗糊上泥浆，妨碍了秧苗的成活。
黄连幼苗的栽种方法有三种：
一是栽背刀，用具为专用木柄心形小铁铲。栽时右手握铲，并用大拇指、食指、中指拿一把秧苗，左手从右手中取1株秧苗，用大拇指、食指、中指拿住苗子的上部，随即将铁铲垂直插人土中，深度大约4~6厘米就可以，并向胸前平拉2~3厘米，挖成一小坑穴，把秧苗端正地插入坑中，苗芯与土壤表面平齐，地面留3~4片大叶即可，立刻取出小铲，推上土向前掩好穴口，之后用铲背压紧秧苗。由上而下，一边栽一边退，并随之弄松畦土，最后弄平脚印。栽植的行株距通常为10厘米，并呈正方形栽植，每亩可以栽5.5~6万株。
二是栽杀刀，也就是用铁铲压住秧苗须根直接插入土中。这种栽法栽的速度非常快，但成活率不及栽背刀高，一般很少采用。
三是栽通杆，栽时一手拿秧苗，另一手食指压住根茎，直接插入土中，食指稍加旋转就可以，然后抽出手指，随即推上土掩盖指孔。这种方法栽苗的速度也很快，成活率也很高。
黄连也可以分株栽培。3~4年生长期的雅连(即三角叶黄连) 每株有分枝3~4根；味连每株有10~20根。可将这些分枝从根茎处分开，选留根茎长约0.5~1厘米的连苗作为分株苗。按行株距15厘米x15厘米挖穴，每个穴的深度大约6厘米就可以，每穴栽入1株黄连分株苗。
黄连苗栽完后覆盖一层细肥土或腐殖质土，然后压紧、栽直、栽稳，浇透定根水就可以了，这样有利于黄连分株苗的成活。
黄连苗栽后当年就有70%的植株开花结籽，到了第二年全部开花。
黄连采用分株繁殖，具有生长快、种子和根茎产量高、质量好的优点，值得推广。
黄连幼苗的移栽深度根据苗的大小而定，春天栽植的秧苗小可栽浅些，秋天栽植的秧苗大可栽稍深点，但无论是在春天还是秋天栽植，栽苗最好不要太浅，一般适龄苗应使叶片以下完全栽人泥土，最深不超过6厘米，这样才容易成活。
耕种帮建议人们通常在上午拔取黄连秧苗，下午开始栽种。如果没有栽完，应摊放阴湿的地方，第二天栽前，应将黄连幼苗的叶子浸湿后再栽。
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