给黄莲施肥必须考虑土壤，这是因为：第一，只有在土壤对某一养分供应不足时，才需要进行施肥，并不需要把所有的必需元素都施入土壤中，因为土壤(或大气)已能充分为黄连的生长供应大多数的营养元素。过度施肥会造成浪费，甚至造成作物中毒。第二，肥料施入土壤之后会发生一些变化，会在不同程度上影响肥料的效果。如果不考虑土壤因素，也就谈不上真正的合理施肥了，所以在为黄连施肥之前要先考虑好这些问题。
黄连属于中草药，所以要根据中药材的品种特性而施肥，中药材的品种不同，在其生长发育不同的阶段所需的养分种类、数量以及对养分的吸收强度也都不相同。一般对于多年生的，特别是根类和地下茎类药用植物，如黄连、党参等，应该施用充分腐熟好的有机肥为主，还可以加些磷钾肥，配合使用化肥，这样就可以满足黄连整个生长周期对养分的需要。在黄连不同的生长阶段的施肥也不相同，生长前期，应该多施些氮肥，氮肥的浓度要低：在黄连的生长中期，化肥的用量和浓度应该适当的增加些；生长后期，应该多用磷、钾肥，这样能促进果实的早熟和种子饱满程度。
给黄连施肥主要是使用农家肥。在移栽之后的2~3天内应该进行一次追肥，可以用稀薄猪粪水或菜饼水做肥料，也可以每亩用细碎堆肥或厩肥1000千克左右撒施。这样，能使黄连苗成活后迅速生长。栽种当年9~10月也要施肥一次。之后的第二、三、四、五年的春季5月采种后和第二、三、四年的秋季9~10月，应各追肥1次，共8次。
春秋季是黄连生长的旺盛期，也是营养需求量最大的时期，同时移栽后两年的黄连地要增施人畜肥，以促进其根生长，最好是速效肥。春季追肥可以选择农家肥，每亩用人畜粪水1000千克和过磷酸钙20~30千克，与细土或细堆肥拌匀撒施，施后以细竹枝把附在叶片上的肥料扫落。8~9月可以再撒些干牛粪200千克。
秋季施肥以农家厩肥为主，兼用火灰、油饼等肥料；肥料应该充分腐熟并且弄细，撒施畦面，厚度大约1厘米，每次每亩用量大约1500~2000千克就可以；如果肥料不够用，可以用腐殖质土或土杂肥代替一部分。第二年春季化雪后，再施入以上肥种，黄连的施肥量应逐年增加。干肥在施用时应从低处向高处撒施，以免肥料滚落成堆或盖住叶子，在斜坡上部和畦边易受雨水冲刷处，肥力变差，所以应该多施一些在施肥的同时要注意平衡施肥，在追肥的基础上，广大黄连种植者为了提高产量，还在每一次除草之后施用化学肥料促进黄连的生长。经对比试验得出结论，每次每亩用50千克过磷酸钙和10千克碳铵为最好的比例。
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