黄连的管理除了施肥之外还要对其进行培土。黄连培土一般都是在施肥之后进行，春秋两季是施肥的季节，而冬季则以覆土为主。黄连的根茎是向上生长的，每年分蘖新长一批新芽露出土面，之后形成茎节，分出新叶，这个时间覆土能促使黄连根茎粗壮，使其长势迅速。为了提高产量，在第二、三、四年秋季追肥之后还应该给黄连培土。
黄连培土的主要方法是将畦沟附近收集的腐殖质土弄细后撒在畦上，或者在地边挖取肥沃的土壤均匀地撒在黄连畦面上。在为黄连覆土之前应该先为其撒施一次底肥，大约每亩黄连用草木灰50千克、复合肥50千克，撒施之后为其盖士就可以了。
在第二年和第三年撒腐殖质土大约1厘米厚，被称为“上花泥”；到了第四年撒大约15厘米厚就可以了，这被称为“上饱泥”。培土必须均匀，且不能过厚，培土过厚会使黄连的根茎桥梗长，品质就会降低，只有均匀的培土，找好标准培土就行
耕种帮提醒除此之外，还要为黄连栽培地拣枯枝落叶，每年秋季春季将凋落的树叶仔细用手扒到黄连的株行距中间，上面撒少许泥土。枯叶最好是堆积到黄连的行距中间，这样，掉落的枯叶可以腐烂成天然的肥料给黄连的生长提供养分。
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