在黄连生长期间还会出现根腐病，这种病一般出现在黄连种植的第二年，从4~5月份开始发病7~8月进人根腐病发病的旺盛时期，到了8月以后就逐渐减少。在地下害虫活动频繁，以及阴晴不定的天气，田园的土壤遇水变黏，排水不良，还有施用没有腐熟厩肥，植株生长不良的条件下，黄连很容易得根腐病。
根腐病的病原属半知菌亚门，丝孢纲，丛梗孢目，瘤座孢科，镰刀菌属真菌。病菌以菌丝和分生孢子在土壤中越冬，病菌在土壤中可以存活五年以上。根腐病使健康的黄连须根变成黑褐色，受病初期，黄连的根茎，叶柄无病变。须根腐烂，之后影响到黄连的茎。
根完全腐烂掉之后，叶子就吸收不到水分了。黄连的叶面初期从叶尖、叶缘变成紫红色，有不规则的病斑，之后逐渐变成暗紫红色。病变从黄连外叶渐渐发展到心叶，病情继续发展，枝叶呈萎蔫状，短时间之内叶子就干枯脱落。
在黄连受病初期，早晚尚能恢复，后期就不再恢复，根腐烂掉叶子也随之干枯致死，没有根茎，这种黄连病株很易从土中拔起。
黄连根腐病防治方法
一般需要和禾本科作物(如玉米)轮作，如果发现黄连患有根腐病，在之后的3~5年内不能种植黄连。只种植禾本科作物。3~5年之后才能栽种，切忌和容易感病的药材或农作物轮作；在黄连生长期间，要注意防治地老虎、蛴螬、蝼蛄等地下害虫，以减少发病机会；如果发现黄连得了根腐病，应该及时拔除黄连的病苗，并在受病的病穴中撒施石灰粉。
也可以用2%石灰水或50%退菌特1：600倍液全面浇灌黄连的受病区域，这样可以防止病害的继续蔓延；在根腐病发病初期喷洒药剂来防治，用50%退菌特1000倍液，或40%克瘟散1000倍液，每隔15天喷洒一次，连续喷洒3~4次就可以。
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