菠萝黑腐病在温和潮湿的天气条件下易于发展，特别是在排水不良、易积水的地方，幼苗易发生腐烂。雨天进行打顶操作或摘除冠芽过迟，会导致伤口大且难以愈合，增加果实发病的风险。低温霜冻也会使冬果容易发病。在采果过程中，机械伤口多会加剧果实贮运期间的病害。果园排水不畅、积水易引发苗腐。鲜果运输和贮藏期间，机械损伤多也会导致病害加重。菠萝黑腐病的病菌以菌丝体或厚壁孢子在土壤或病组织中越冬，通过雨水溅射及昆虫传播，在适当条件下侵入伤口危害。收获时，果柄切口是病菌入侵的主要途径。冬菠萝遭受低温霜冻，运输途中鲜果被压伤或抛伤，以及采收后堆积受日灼等都会增加发病机会。温度在23～29℃时，果实黑腐发展最快，较甜的品种比较酸的品种病重。