木霉菌通过产生小分子的抗生素和大分子的抗菌蛋白或胞壁降解酶类来抑制病原菌的生长、繁殖和侵染；以及通过快速生长和繁殖而夺取水分和养分、占有空间、消耗氧气等，以至削弱和排除同一生境中的灰霉病病原物；木霉菌还会在特定环境里形成腐霉，对灰霉病菌具有重寄生作用，抑制葡萄灰霉病症状的出现。
木霉菌登记作物病害有：番茄灰霉病、黄瓜灰霉病和霜霉病、西瓜立枯病和青枯病、小麦纹枯病等。
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